As said by Sri Sri Yogishwara Rushikumara Guruji of Kodimatha, in the inscription of palm leaves pertaining to Kodimatha about 800 years back, that this place will become a huge Naga devaalaya/temple (Sri Mukthi Naga Kshetra, Ramohalli) in future. It is believed that, Shiva temple still exists in the underground. About 200 years ago, this temple was called as Junjappana Gudi bayalu. Junjappa is the other name for Nagappa that denotes snake. The native people here used to assemble the stones and called it as Nagappa and performed the puja. The legend says that a cobra aged about 100 years measuring 25 feet, used to live here at that time. The Junjappana bayalu was the place where the present main Naaga temple is consecrated. It is widely believed that, the Dharmadharshi of the temple Guruji Daivajña Subramanya Shastri had a dream and Lord Subramanya told him to construct a temple. So Guruji bowed to the command and started working on the construction of the temple. The monolithic statue of Mukthi Naga is about 16 feet tall with 7 head, was carved and it took about one and a half years to carve the idol and 15 sculptors worked on it. The temple was unveiled to public in the year 2004-2005 by performing consecrating programme. In the mean time, patron deity Pattalamma Devi, Kshetrapalaka Sri Kaalabhirava Swamy, Sri Kaaryasiddi Vinayaka is consecrated in separate mandirs. Along with this, Nagabana, gohaale, Kalpvruksha Hospital are also constructed.
ಈ ದೇವಾಲಯದ ಇತಿಹಾಸಕ್ಕೆ ಹಲವಾರು ವರ್ಷಗಳ ಹಿನ್ನಲೆಯಿದೆ ಎಂಬ ಮಾತಿದೆ. ಕೋಡಿಮಠದ ಶ್ರೀ ಶ್ರೀ ಯೋಗೀಶ್ವರ ಋಷಿಕುಮಾರ ಗುರುಗಳು ತಿಳಿಸಿರುವಂತೆ, ಕೋಡಿಮಠದ ತಾಳೆಗರಿಯಲ್ಲಿ 800 ವರ್ಷಗಳ ಹಿಂದೆಯೇ, ಮುಂದೆ ಈ ಸ್ಥಳದಲ್ಲಿ (ಶ್ರೀ ಮುಕ್ತಿನಾಗ ಕ್ಷೇತ್ರ ರಾಮೋಹಳ್ಳಿ) ಬೃಹತ್ ನಾಗದೇವಾಲಯ ಆಗಲಿದೆ, ಎಂದೂ, ಈ ಕ್ಷೇತ್ರದ ಭೂಗರ್ಭದಲ್ಲಿ ಶಿವದೇವಾಲಯವಿದೆ ಎಂಬ ಪ್ರತೀತಿ ಇದೆ. ಹಾಗೆ 200 ವರ್ಷಗಳ ಹಿಂದೆ ಇದನ್ನು ಜುಂಜಪ್ಪನ ಗುಡಿ ಬೈಲು ಎಂದೂ ಕರೆಯುತ್ತಿದ್ದರು. ಜುಂಜಪ್ಪ ಎಂದರೆ ನಾಗಪ್ಪ. ಇಲ್ಲಿ ವಾಸಿಸುತ್ತಿದ್ದ ಜನರು, ಕಲ್ಲುಗಳನ್ನು ಜೋಡಿಸಿ ಅದನ್ನು ನಾಗಪ್ಪ ಎಂದು ಹೇಳಿ ಪೂಜೆ ಮಾಡುತ್ತಿದ್ದರು. ಇಲ್ಲಿ 25 ಅಡಿಗಳ ನೂರು ವರ್ಷಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚಿನ ವಯಸ್ಸಾಗಿರುವ ನಾಗರಹಾವು ವಾಸಿಸುತ್ತಿದ್ದು, ಈಗಿನ ನಾಗದೇವಾಲಯ ಇರುವ ಸ್ಥಳವೇ ಆಗಿನ ಜುಂಜಪ್ಪನ ಬಯಲು ಎಂದು ಹೇಳಲಾಗುತ್ತದೆ.
ಸುಮಾರು 1999 ರಲ್ಲಿ, ದೇವಸ್ಥಾನದ ಧರ್ಮದರ್ಶಿಗಳಾಗಿದ್ದ ಗುರೂಜಿ ದೈವಜ್ಞ ಸುಬ್ರಹ್ಮಣ್ಯ ಶಾಸ್ತ್ರಿಗಳ ಕನಸಿನಲ್ಲಿ ಸುಬ್ರಹ್ಮಣ್ಯ ಸ್ವಾಮಿ ಬಂದು ನಾನು ನಿನ್ನ ಸಮೀಪದಲ್ಲೇ ಇದ್ದೇನೆ, ನನಗಾಗಿ ಆಲಯವನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸು ಎಂದು ಆಜ್ಞೆ ನೀಡಿದ್ದು, ಅದರಂತೆ ಪ್ರತಿಷ್ಠಾಪನಾ ಮಹೂರ್ತಕ್ಕೆ ಮುಂಚೆ ಖ್ಯಾತ ಶಿಲ್ಪಿ ಪದ್ಮಶ್ರೀ ಗಣಪತಿಸ್ಥಪತಿ (ಕಾಂಚಿಪುರ) ಯವರು 16ಅಡಿಯ ಎತ್ತರದ ಏಳು ಹೆಡೆಯ, ಏಕಶಿಲೆಯ ನಾಗರಾಜನನ್ನು ಒಂದುವರ್ಷ ಆರುತಿಂಗಳುಗಳ ಕಾಲ, 15 ಜನ ಶಿಲ್ಪಿಗಳು ಸಿದ್ಧಪಡಿಸಿದರೆಂಬ ಉಲ್ಲೇಖವಿದೆ. ಸುಮಾರು 2004-2005 ರಲ್ಲಿ ಪ್ರತಿಷ್ಠಾಪನಾ ಕಾರ್ಯಕ್ರಮಗಳು ನೆರವೇರಿದ್ದು, ನಂತರದಲ್ಲಿ ದೇವಾಲಯದ ಪ್ರದೇಶದಲ್ಲಿ ಗ್ರಾಮದೇವತೆಯಾದ ಪಟ್ಟಾಲಮ್ಮ ದೇವಿ, ಕ್ಷೇತ್ರ ಪಾಲಕ ಶ್ರೀ ಕಾಲಭೈರವ ಸ್ವಾಮಿ, ಶ್ರೀ ಕಾರ್ಯಸಿದ್ಧಿ ವಿನಾಯಕ ದೇವರ ವಿಗ್ರಹಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿಷ್ಠಾಪಿಸಲಾಗಿದೆ. ಇದರ ಜೊತೆಯಲ್ಲೇ ನಾಗಬನ, ಗೋಶಾಲೆ, ಕಲ್ಪವೃಕ್ಷ-ಆಸ್ಪತ್ರೆ ಮುಂತಾದವುಗಳನ್ನು ಕಟ್ಟಿದ್ದಾರೆಂಬ ಮಾಹಿತಿ ಇದೆ.